Acho que o Java é uma opção melhor (portabilidade, custo, blá, blá blá). Mas na minha opinião, as IDEs para java não são tão produtivas e tem poucos componentes prontos. Diferente do VS.Net, que se você quiser um componente que detecte uma cagada do usuário e dê um choque na bunda dele, é só arrastar da paleta de componentes.
Então, se precisar de alta produtividade, use .Net. Se estiver disposto a programar um pouco mais, vá de Java.
Tudo Certo como 2 e 2 são 5!
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