Sugestão de distros:
Para quem migra do windows para o linux os melhores são Kurumin e o Ubuntu

Programas:
O VirtualBox. Tem também o VMware, mas esse é pago.

Diferenças:
As diferenças básicas são principalmente, se não apenas, não posso afirmar com certeza, a interface gráfica, ouvi uma definição bastante interessante:

"O GNOME tem um visual mais pastoso, mais embaçado, já o KDE é mais cristalino, mais limpo."

iCaju